Banjir dan masalah sinyal pada Stasiun Jakarta Kota di Jakarta Utara menyebabkan keterlambatan parah dan gangguan layanan pada hari Rabu, banyak penumpang yang membatalkan rencana perjalanannya dan meninggalkan stasiun.
Terletak di pusat Kota Tua Jakarta, stasiun ini merupakan salah satu pusat pelayanan kereta api utama di Jakarta. Kereta dari Bogor ke Jakarta diberhentikan di stasiun Manggarai, Jakarta Selatan, karena jalurnya terendam banjir dan menghalangi jalan ke arah utara.